Vďaka geografickej polohe Muránskej planiny na rozhraní vyšších chladnejších pohorí a teplejších predhorí, rôznorodému geologickému podkladu i reliéfu, ako aj špecifickej mikroklíme sa tu vytvorili podmienky, ktoré na pomerne malej rozlohe v bezprostrednej blízkosti umožňujú život mnohých druhov rastlín s rozdielnymi ekologickými nárokmi. V kvetene Muránskej planiny sú tak zastúpené nielen alpínske a subalpínske druhy rastlín, ale aj náročnejšie teplomilné druhy. Dosiaľ tu bolo zistených viac ako 1400 druhov a poddruhov cievnatých rastlín.
Väčšinu územia Muránskej planiny (až 93 %) pokrývajú lesy. Kedysi prevládajúce bukové a jedľovo-bukové lesy boli vplyvom po stáročia trvajúcej činnosti človeka nahradené porastami s dominanciou smreka. V južných častiach planiny prevládajú vápnomilné bučiny, lipovo-javorové sutinové lesy a teplomilné dubové lesy. Bukové a jedľovo-bukové lesy s prímesou smreka sú charakteristické pre náhorné časti planiny. V severných častiach planiny prevládajú smrečiny a zmiešané lesy (smreka s bukom). Na ťažko prístupných skalných hrebienkoch sa dodnes zachovali reliktné borovicové a smrekovcové lesy. Niektoré stromy rastúce na takto ťažko prístupných miestach (národné prírodné rezervácie Veľká Stožka, Malá Stožka, Hrdzavá dolina, Poludnica) sa dožívajú napriek extrémnym podmienkam úctyhodného veku – 300 až 400 rokov. Na území národného parku rastie viacero vzácnych alebo chránených druhov drevín, napríklad tis obyčajný (Taxus baccata) v okolí Tisovca a Muráňa, jarabina mišpuľková (Sorbus chamaemespilus) na Veľkej Stožke a jarabina Hazslinszkého (Sorbus hazslinszkyana) v Národnej prírodnej rezervácii Cigánka. Medzi veľmi vzácne druhy patrí aj zemolez alpský (Lonicera alpigena). Kľak je jedinou lokalitou tohto druhu na Slovensku. V inverzných polohách sa v území vzácne vyskytuje aj borovica horská – kosodrevina (Pinus mugo). V Hrdzavej doline zostupuje do výšky 750 m n. m., čo predstavuje jedno z najnižšie položených prirodzených nálezísk na Slovensku. Z hľadiska rozšírenia druhu ide o najjužnejší prirodzený výskyt kosodreviny v západných Karpatoch. Aj v tieni lesov nájdeme rásť mnohé vzácne druhy bylín. Vápencové bučiny sú typické výskytom orchideí – rastie tu prilbovka biela (Cephalanthera damasonium), prilbovka červená (Cephalanthera rubra), kruštík komorický (Epipactis komoricensis), či pôvabný črievičník papučkový (Cypripedium calceolus). Blízko Muráňa, v tieni bukovo-hrabového lesa objavíme zriedkavo sa vyskytujúcu chránenú rastlinku kandík psí (Erythronium dens-canis). Ide o jedinú lokalitu tohto druhu na Muránskej planine.
Menej zastúpené, no o to vzácnejšie sú spoločenstvá podhorských lúk a pasienkov, ktoré dotvárajú kolorit krajiny Muránskej planiny. Prekrásne a druhovo veľmi bohaté sú dnes už len tie lúky a pasienky, kde tradičné hospodárenie pretrváva aj v súčasnosti. Jedine pravidelné kosenie a primerané spásanie totiž dokáže udržať optimálne podmienky pre život množstva lúčnych druhov rastlín, nezriedka aj ohrozených. V najzachovalejších travinno-bylinných spoločenstvách rastú mnohé ohrozené a zriedkavé druhy, napríklad mečík strechovitý (Gladiolus imbricatus), ľalia cibuľkonosná (Lilium bulbiferum), početné druhy orchideí – vstavačovec bazový (Dactylorhiza sambucina), päťprstnica obyčajná (Gymnadenia conopsea), pavstavač hlavatý (Traunsteinera globosa), vstavač mužský (Orchis mascula), či zriedkavo sa vyskytujúci bieloprst belavý (Pseudorchis albida). Zachovanie podhorských lúk a pasienkov je úzko späté s činnosťou človeka. Upúšťaním od tradičného obhospodarovania lúk a pasienkov dochádza k negatívnym zmenám v ich druhovom zložení, k ich postupnému zarastaniu drevinami a v dôsledku toho aj k postupnému miznutiu mnohých často vzácnych lúčnych druhov.
K veľmi cenným spoločenstvám Muránskej planiny patrí vegetácia skál a strmých svahov. Na neprístupných skalnatých svahoch a zrázoch, skalných terasách a hrebienkoch nájdeme aj najvzácnejšiu rastlinu územia – lykovec muránsky (Daphne arbuscula). Jeho výskyt sa viaže výlučne na Muránsku planinu (endemit) a pôvod siaha do dávnych geologických dôb (paleoendemit). Je vzácnym pozostatkom z teplejšieho obdobia treťohôr (terciérny relikt). V štrbinách kolmých vápencových brál a hrebienkov rastú okrem lykovca muránskeho aj mnohé ďalšie vzácne druhy rastlín, napríklad prvosienka holá (Primula auricula), lomikameň metlinatý (Saxifraga paniculata), taričník skalný (Aurinia saxatilis), či poniklec slovenský (Pulsatilla slavica). Na severných skalnatých svahoch nájdeme mnohé horské až vysokohorské druhy, napríklad stračonôžku tatranskú (Delphinium oxysepalum), soldanelku karpatskú (Soldanella carpatica), dryádku osemlupienkovú (Dryas octopetala), zvonček maličký (Campanula cochleariifolia), všivec praslenatý (Pedicularis verticillata), či horec Clusiov (Gentiana clusii).
Medzi najcitlivejšie a najviac ohrozené spoločenstvá Muránskej planiny patria mokraďné spoločenstvá – podmáčané lúky, rašeliniská, slatiny a prameniská. Okrem toho, že sa podieľajú na zdravom fungovaní krajiny, ukrývajú v sebe viaceré skvosty našej prírody. V slatinách nachádzame rásť viaceré vzácne a ohrozené druhy, napríklad ružovo kvitnúcu prvosienku pomúčenú (Primula farinosa), nádherný žltohlav najvyšší (Trollius altissimus), nenápadný druh trávy – zraniteľnú ostricu Davallovu (Carex davaliana), či zriedkavý kropenáč trváci pravý (Swertia perennis subsp. perennis). Svojou krehkou krásou človeka očaria pôvabné orchidey vstavačovec laponský (Dactylorhiza lapponica), vstavačovec májový (Dactylorhiza majalis) a bradáčik vajcovitolistý (Listera ovata). Svoje miesto si tu nachádza aj vskutku nezvyčajná rastlinka – tučnica obyčajná (Pinguicula vulgaris). Na prvý pohľad drobná rastlinka s mäsitými listami dostala do vienka jednu vlastnosť navyše – mäsožravosť. Má schopnosť chytiť a stráviť menší hmyz a z času na čas si tak doplniť chýbajúce organické látky. Rovnakou schopnosťou sa môže pochváliť aj drobná rosička okrúhlolistá (Drosera rotundifolia), ktorá je viazaná na rašeliniská. Zachovanie mokradí môže človek svojou činnosť ale aj nečinnosťou ovplyvniť. Zarastenie mokradí náletovými drevinami, ich úmyselné odvodňovanie, či neprimerane intenzívna poľnohospodárska činnosť v nich a ich blízkom okolí by neúprosne viedli k zániku týchto vzácnych lokalít vôkol nás.